آیت‌الله خامنه‌ای:
حوادث کهریزک و کوی دانشگاه در قیاس با اعتراض‌هایی که به "هتک آبروی نظام" انجامیدند، کم اهمیت هستند.
آیت‌الله خامنه‌ای ، رهبر جمهوری اسلامی ایران روز چهارشنبه در سخنانی در جمع عده‌ای از دانشجویان، گفت که در حوادث پس از انتخابات تخلفات و جنایاتی صورت گرفته که به طور قطع با آنها برخورد خواهد شد. خامنه‌ای از تشکیل پرونده ویژه برای حمله به کوی دانشگاه تهران در روز پس از انتخابات سخن گفت و قول داد که «مجرمان بدون توجه به وابستگی سازمانی به مجازات برسند.» با این همه، وی تصریح کرد که در چنین مسائلی، حتی اگر «برای بسیاری از شایعات، شواهد و قرینه‌هایی وجود داشته باشد، این شواهد نمی‌تواند مبنای قضاوت قرار بگیرد.»
خامنه‌ای همچنین حمله به کوی دانشگاه و شکنجه، قتل و آزارهای جنسی در زندان کهریزک را در قیاس با «مسئله‌ی اصلی انتخابات» کم‌اهمیت شمرد. وی در این رابطه با تآکید بر «معدود بودن» قربانیان بازداشتگاه کهریزک، گفت: « عده‌ای ظلم بزرگی را که پس او از انتخابات به مردم و نظام اسلامی شد و هتک آبروی نظام در مقابل ملت‌ها را نادیده می‌گیرند و مسئله کهریزک یا کوی دانشگاه را قضیه‌ی اصلی را قلمداد می‌کنند، اما این یک ظلم آشکار است.»
ظاهراَ منظور آیت‌الله خامنه‌ای از "ظلم بزرگ" تظاهرات و اعتراض‌های گسترده به نتیجه‌ی اعلام شده‌ی انتخابات است.
پس از اعلام رسمی نتیجه‌ی انتخابات که بر خلاف انتظار بسیاری از مردم محمود احمدی‌نژاد پیروز آن اعلام شد، معترضان با راهپیمایی‌های گسترده و مسالمت‌آمیز خود روند انتخابات و شمارش آرا را آلوده به تقلب و تخلف اعلام کردند و خواهان ابطال انتخابات یا اعمال برخی مکانیسم‌ها برای کنترل سلامت آن شدند. آیت‌الله خامنه‌ای که در روز پس از انتخابات و پیش از تأیید نتیجه‌ی آن از سوی شورای نگهبان، "پیروزی" احمدی‌نژاد را تبریک گفته بود، یک هفته بعد در واکنش با موج گسترده‌ی اعتراض‌ها، آنها را "زورآزمایی خیابانی" نامید و تهدید کرد که اگر این اعتراض‌ها پایان نیابند، با آنها مقابله خواهد شد. از روز پس از این سخنرانی موج رویارویی با معترضان شدیدتر شد و خشونت تهران و بسیاری از شهرهای ایران را فرا گرفت. در این حوادث بنا به برخی از آمارها نزدیک به ۷۰ نفر از معترضان کشته شدند و به گفته‌ی مقام‌های مسئول، نزدیک به ۴۰۰۰ نفر از آنها دستگیر شدند که هنوز هم ده‌ها تن از آنها در زندان به سر می‌برند.
آیت‌الله خامنه‌ای گرچه تصریح کرد که هنوز برایش ثابت نشده که پیشقراولان اعتراض به نتیجه‌ی اعلام‌شده‌ی انتخابات دست‌نشانده‌ی بیگانگان هستند، اما خود اعتراض‌ها را "حساب‌شده" توصیف کرد. به گفته‌ی وی، « طراحان حوادث اخیر، صحنه گردانانی دارند و صحنه گردانان دیگری نیز پیدا می‌کنند... اصل حوادث خیلی خلاف انتظار نبود اما اشخاصی که وارد صحنه شدند خلاف انتظار ما بود.»
رهبر جمهوری اسلامی ایران در بخش پایانی سخنان خود، با اشاره‌ای تلویحی به امکان بروز ناآرامی در دانشگاهها، به دانشجویان و دانشگاهیان درباره "طرح دشمنان برای ایجاد اختلال در کار علمی دانشگاهها" هشدار داد و گفت: «همه مراقبت کنند در این مسائل سیاسی کوچک و حقیر، کار علمی دانشگاهها و کلاسها و مراکز تحقیقاتی دچار آسیب نشود و هدف آشکار و مشخص دشمن برای اینکه حداقل مدتی دانشگاهها را به تعطیلی و تشنج و اختلال بکشاند محقق نگردد.»
در هفته‌‌های اخیر در محافل دولتی و سیاسی ایران این بحث جریان داشته که آیا فعالیت دانشگاهها در آغاز مهرماه از ناآرامی‌ها و اعتراض‌های اخیر متأثر خواهد شد و نارضایتی و اعتراض به این موسسات هم سرایت خواهد کرد، یا این که مجموعاَ دانشگاهها آرام خواهند مان. در چارچوب این بحث‌ها، این شایعه مطرح شد که شاید بازگشایی دانشگاهها در مهرماه یک ترم به تعویق بیافتد، اما بعداَ وزارت علوم وجود چنین طرحی را تکذیب کرد.